Desde la muerte hace un año del hombre que se creía que era el emperador más malvado de Britannia, el mundo ha disfrutado de una paz sin precedentes bajo la dirección de la Federación Unida de Naciones. Sin embargo, esta frágil calma se rompe cuando militantes armados secuestran con éxito a la ex princesa Nunnally vi Britannia y a Suzaku Kururugi, el principal asesor de los Caballeros Negros, lo que desencadena una crisis internacional.

El poderoso y poco confiable Reino de Zilkhstan está acusado de orquestar su captura. Para investigar, las autoridades mundiales envían a Kallen Stadtfeld y sus asociados en una operación encubierta al país. Allí, se encuentran con la bruja inmortal C.C., que tiene la misión de completar la resurrección del hombre responsable de la mayor revolución de la historia: una leyenda que se levantará, tomará el mando y salvará al mundo del peligro una vez más.