Sinopsis
73 CE: Si bien la segunda batalla de Yachin Due puso fin a la guerra entre los Naturales y los Coordinadores, las tensiones entre las dos razas están en su punto más alto. Durante una reunión entre el presidente de PLANT, Gilbert Dullindal, y el representante de Orb, Cagalli Yula Athha, una unidad de soldados secuestra los Gundams recientemente desarrollados por ZAFT. El soldado de ZAFT Shinn Asuka junto con sus amigos en la salida del barco Minerva de ZAFT en un intento de disuadir este secuestro. Con la ayuda del guardaespaldas de Cagalli, Athrun Zala, Minerva persigue el barco desconocido que secuestró los Gundams hasta que ocurre un problema aún mayor que conduce al inicio de la segunda guerra de Bloody Valentine.

Nota: En marzo de 2013 comenzó la emisión de HD Remaster. Al igual que el HD Remaster de Gundam SEED, el remaster de esta serie no solo mejora la animación, sino que también altera líneas y escenas del original, además de introducir nuevos trajes móviles. El recuento de episodios de la remasterización fue de 50 episodios. El episodio recapitulativo "Refrain" se omitió por completo en HD Remaster, mientras que el episodio final se dividió en dos partes: "Final Power" y "The Chosen Future", basado en el especial de televisión "The Chosen Future", con metraje adicional.