Sinopsis
El líder del Team Rocket, Giovanni, ha encontrado a Mewtwo en una zona remota de la región de Johto. Mientras Giovanni intenta volver a capturar a Mewtwo, Ash y sus amigos son secuestrados por Domino, un nuevo miembro del Equipo Rocket, mientras intentaban rescatar a Pikachu de Jessie y James. Los Pokémon clon también son capturados y luego utilizados como cebo para Mewtwo. La situación entonces se convierte en una batalla entre las voluntades de Mewtwo y Giovanni; y Mewtwo también intenta descubrir si él y los clones tienen un propósito en la vida, a pesar de que son productos de la ciencia.
(Fuente: Red de noticias de anime)