Sinopsis
Mei no Naisho gira en torno a la vida del personaje principal Mei Haruna, un joven afeminado que fue criado por su madre bruja cuando era niña y siempre se consideró una mujer. Su madre era la única familia que tenía, así que después de su muerte, se transfiere a una escuela secundaria exclusivamente para niñas y viene a residir en el dormitorio de la escuela con su gato parlante Abel y su compañera de cuarto Fuuka Honjou, quien también es miembro del comité de moral pública. Poco después de llegar a la escuela, sus nuevos amigos descubren, después de una exhibición mágica en el baño comunitario del dormitorio, que en realidad es un hombre, aunque esto le sorprende a pesar de que es consciente de las diferencias físicas entre él y las chicas normales. A pesar de que lo descubrieron, y después de una útil intervención del pervertido presidente del consejo estudiantil, el director de la escuela decide que puede quedarse en la escuela. Al día siguiente, Mei llega a la escuela con Fuuka y se disculpa por ocultar el hecho de que era un brujo, y les informa a los demás que aparentemente es un hombre. Los otros estudiantes rápidamente lo aceptan como uno de los suyos y quedan impresionados de cómo puede usar la magia.